Συντονίζουσα Σχολή του ΔΠΜΣ "Συστήματα Αυτοματισμού" είναι η Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών ΕΜΠ. Οι συμμετέχουσες Σχολές του Μεταπτυχιακού Προγράμματος είναι οι εξής:
Εφαρμοσμένων Μαθηματικών & Φυσικών Επιστημών
Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών
Μηχανικών Μεταλλείων - Μεταλλουργών